《电子技术应用》
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基于优化水平集的细胞图像分割算法
来源:电子技术应用2013年第9期
张瑞华, 吴 谨
1. 武汉科技大学 信息科学与工程学院,湖北 武汉 430081; 2. 中国人民解放军空军雷达学院 实验中心,湖北 武汉 430019
摘要: 介绍了一种基于优化水平集的细胞图像分割算法。优化水平集在水平集算法基础上添加了局部熵和灰度变换, 以达到突出边缘和去噪的目的。为修正经典OTSU阈值法忽略目标与背景的类内平均距离,创新性地对阈值选择函数进行改进。实验结果表明,相比于传统算法,该算法在正确分割率和运行时间上更优,在复杂的细胞图像分割中具备有效性和可行性。
中图分类号: TP391;TP37
文献标识码: A
文章编号: 0258-7998(2013)09-0142-03
Improved level-set segmentation algorithm on image sequences of stem cells
Zhang Ruihua, Wu Jin
1. College of Information Science and Engineering,Wuhan University of Science and Technology,Wuhan 430081,China; 2. Experiment Center,Air Force Radar Academy, Wuhan 430019, China
Abstract: A separating algorithm for neuron stem cell images based on level-set segmentation algorithm combined with improved OTSU criterion is presented. Firstly, prove level-set, edge stopping function is constructed based on local entropy and gray-scale transformation which can do a good work for overcoming the drawbacks. Secondly, analyze the shortcoming of the OTSU and propose a new threshold function according to the suggestion that make the variance within clusters as a factor of computing the best threshold. Experiments demonstrate that this algorithm has proved high-speed and has a good effect of cell segmention compared to traditional methods.
Key words : image processing; image segmentation; cell adhesion; level set;local entropy; OTSU threshold segmentation

    细胞分割的传统方法有两类:阈值法[1-2]和先验模型法[3]。阈值法计算量小,算法容易实现,但阈值很难确定。如果阈值选择过大容易造成过分割,如果选择过小则会产生分割不够的问题。先验模型法对呈规则椭圆型细胞的简单粘连有较好的分割效果,但对弱边缘、边缘不连续、带噪等情况下的非规则椭圆型细胞图像不能有效分割。

    参考文献[4]提出的无需重初始化水平集模型属于基于梯度的边缘模型,解决了C-V 水平集模型的忽略图像局部特征的问题。另外由于无需重初始化,极大提升了水平集的进化速度,具有较高的实用价值。但该模型存在基于梯度的边缘模型固有的问题:对带噪、弱边缘、边缘不连续的图像难以精确分割[5]。目前,一些文献针对该模型的边缘终止函数进行了优化。参考文献[6]将边缘终止函数中的高斯滤波用Kalman滤波代替,促使水平集曲线进一步收敛,同时加快了模型的进化速度;参考文献[7]提出一个无需高斯平滑的边缘终止函数,不但使模型的边缘定位更精确,同时减少了约45%的分割时间和迭代次数。然而,上述改进还是基于梯度的边缘终止函数,难以从根本上克服基于梯度的边缘模型的缺点。鉴于此,本文结合局部熵和灰度变换函数构造新的边缘终止函数。实验证明了新的终止函数能够有效克服基于梯度的终止函数固有的缺点, 缩短了进化时间。
    本文首次将优化水平集和改进的OTSU阈值法相结合对神经元干细胞NSC(Neural Stem Cells)图像进行分割,分别解决了细胞分割中选取细胞团轮廓和分割粘连细胞的难题,具有很好的分割效果。
1 水平集算法
    本文采用无需重初始化的变分水平集模型,并结合局部熵和灰度变换作为该模型的边缘终止函数,以实现对细胞团轮廓的提取。
1.1 无需重初始化的水平集模型
     无需重初始化的水平集模型属于基于梯度的边缘模型,如图1所示。它存在基于梯度的边缘模型固有的一些缺点:(1)对于噪声图像,梯度值在远离边缘的噪声点处也较大,导致进化曲线停滞在噪声区域且进化速度慢,如图1(d);(2)边缘泄漏。由于梯度值在弱边缘处较小,导致弱边缘处停止力较弱,进化曲线易忽略边界继续进化,如图1(e);(3)模型对不连续边缘的识别困难,造成不连续边缘的漏分割,如图1(f)。

其中,T2定义了一种作用于原始图像亮度r的操作, s为变换后的亮度,m为阈值,k为拉伸参数。通过函数T2来增强图像对比度,以突出边缘。

    对水平集分割后的细胞轮廓,用阈值T继续分割,见图3(b),得到的结果如图3(c)所示。最后通过膨胀、腐蚀,得到最终分割结果如图3(d)所示。

 

 

3 仿真结果与分析
    为验证本文算法,采用大量图像进行实验,取其中1个NSC图像序列(160帧,每帧细胞数为33个, 大小为250×250像素)作为例证,此序列具有细胞数目众多,出现复杂粘连和带噪、弱边缘等特点。由于篇幅限制,图片不宜过大,故采用25X的物镜观察细胞。实验中,局部熵窗口尺寸M×M=3×3。灰度变换参数d=0.9,K=80。水平集参数主要参考参考文献[5]:λ=5.0,u=0.04,v=3.0,τ=5.0。实验是在Intel P4 3.0 GHz,WindowsXP 2 048 MB内存的PC上实现,程序由Matlab 7编写。
    分别采用阈值法、先验模型法和本文算法对序列中随机抽取的第102帧图像进行分割,结果如图4所示。
    图4(b)显示了阈值法的分割结果,可见,不仅将相邻细胞误判为一个整体(这是由于出现了3个以上的细胞粘连),而且还漏标了多个细胞(这是由于该细胞形状为非规则圆形)。参考文献[3]先验模型算法在求出细胞的等效半径r、圆形度c和质心o后,以质心o为圆心,以r为半径,划定一个圆形区域来检测细胞的粘连部分。算法对呈规则圆型细胞的复杂粘连有较好效果,但对特殊形状的复杂粘连分割不够,见如图4(c)。图4(d)是本文算法的分割结果,除了极少数细胞的丢失外,在细胞的形态信息和位置信息上都有更好的保留,体现了算法的优越性,利用人眼观察可以看出分割正确率要比另两种算法高得多。

    本文给出了结合优化水平集和改进OTSU阈值的NSC图像分割算法,分别解决了细胞分割中选取细胞团轮廓和分割粘连细胞的难题。实验结果表明,相较于其他分割算法,本文算法对复杂粘连和带噪、弱边缘的细胞图像分割速度更快速、更准确。
参考文献
[1] 钱翔,叶大田.分割神经干细胞图像的两种聚类多阈值分割方法[J]. 清华大学学报:自然科学版, 2010,50(3):
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[4] 张霞,王超.医学图像处理技术及发展趋势[J].中外医学研究,2010,8(7):22-25.
[5] JIANG T Z, YANG F G, FAN Y. An adaptive particle level set method[J]. Electronic Notes in Theoretical Computer Science(S1571-0661),2001,46(12):214-224.
[6] Ru Zhongliang, Zhu Chuanrui, Zhao Hongbo. Study on the  extend finite element method based on level set algorithm[J].Engineering Mechanics,2011,28(7):20-25.
[7] Lu Ke, He Ning, Xue Jian. A new geometric deformable  model for medical image segmentation[J].Chinese of Journal Electronics,2009,45(36):232-234.

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